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遵义医学院有16个院系，分别为基础医学院、第一临床学院、口腔学院、人文社科部、公共事业管理系、麻醉学系、药学院、护理学系、美容医学系、医学影像学系、医学检验系 、法医学系、社会体育系、外国语言文学系、生物工程系。